
Ces instances assurent la gestion quotidienne, la coordination et le suivi des activités académiques, scientifiques et administratives. Elles veillent à transformer les orientations stratégiques en actions concrètes au service de la communauté universitaire.

Sur proposition du comité des diplômes, le Président confère, aux étudiants ayant satisfait aux exigences académiques en vigueur, les diplômes de Licence, d’Ingénieur, de Master et de Doctorat, ainsi que tout autre diplôme préparé au sein de l'Université.
Les diplômes sont signés conjointement par le Président de l’Université et le Doyen de Faculté ou le Directeur d’Établissement, de Programmes, d’Institut ou de Centre, concerné.
Les missions du CU consistent à :
Promouvoir et maintenir un haut niveau intellectuel, de formation et de recherche au sein de l'Université conformément à la mission de celle-ci ;
Proposer les conditions d'admissibilité des étudiants, les programmes d'enseignement et de recherche, la nature des diplômes à décerner et les conditions d'obtention des diplômes ;
Attribuer sur le budget de l’Université des bourses d'étude, des bourses pour les étudiants de Master, les Doctorants et les Post-Doctorants et des prix ;
Décider de l’ouverture des filières de formation ;
Fixer les frais d’inscription et les droits de scolarité ;
Proposer au CA de discerner des diplômes et titres honorifiques, notamment le doctorat honoris causa.
Vice-Présidents de l’Université
Doyens ou directeurs de chaque établissement et entité de l’Université
Trois professeurs titulaires issus des Établissement de l’Université élus par leurs pairs pour un mandat de trois ans renouvelable
Représentant du personnel administratif et technique de chaque établissement de l’Université élu par ses pairs pour un mandat de trois ans renouvelable
Représentant des étudiants de chaque cycle d’études de Licence, Master, Ingénieur et Doctorat pour une durée de deux ans non renouvelable
Membres extérieurs du monde académique, socio-économique et politique
Le Président de l'Université peut faire appel, à titre consultatif, à toute personnalité du monde scientifique et du monde des affaires de notoriété nationale ou internationale dans son domaine, dont la présence lui paraît utile, pour faire partie du Conseil Scientifique de l’UEMF qui a pour attributions de traiter notamment :
Des questions relatives aux grands axes stratégiques en matière d’enseignement et de recherche développement ;
Des partenariats de référence pour l’Université ;
De l’introduction de l’Université dans les réseaux nationaux et internationaux des secteurs relatifs à l’Objet et/ou aux Missions de l’Université ;
De l’évaluation externe des activités d’enseignement, de recherche et de la valorisation des résultats de la recherche.
Le fonctionnement du CS est régi par son propre Règlement Intérieur établi par lui-même.

Le Président assure la coordination des activités des différentes entités, facultés, instituts, unités, et centres de l'Université par le Comité de gestion, présidé par lui, et composé en plus du Président, des vice-Présidents, du Secrétaire général et du Directeur des Affaires administratives et Financières.
Ce Comité se réunit une fois par mois, au moins, et à chaque fois que le bon fonctionnement de l’Université l’exige, pour assurer le suivi des activités de l’UEMF et décider de la mise en œuvre des actes de gestion de l’Université.

Le Comité de coordination assure la coordination des activités des différentes entités, facultés, instituts, directions, unités et centres de l'Université. Il a pour mission d’assurer les synergies, la mutualisation des moyens et de proposer les projets communs et structurants entre les différents Établissements et les différentes directions.
Le Comité de coordination est composé, en plus du Président, des vice-Présidents, du Secrétaire Général, du Directeur des Affaires administratives et Financières, de l’ensemble des Chefs d’Établissements et des différentes directions de l’Université.
Ce Comité se réunit une fois par deux mois, au moins, et à chaque fois que le bon fonctionnement de l’Université l’exige