
تضمن هذه الهيئات الإدارة اليومية والتنسيق ومتابعة الأنشطة الأكاديمية والعلمية والإدارية. وهي تسهر على تحويل التوجهات الاستراتيجية إلى إجراءات ملموسة في خدمة الجماعة الجامعية.

بناءً على اقتراح لجنة الدبلومات، يمنح الرئيس للطلبة الذين استوفوا الشروط الأكاديمية المعمول بها، دبلومات الإجازة، ودبلوم المهندس، والماستر والدكتوراه، فضلاً عن أي دبلومات أخرى مُعدة داخل الجامعة.
تُوقع الدبلومات بشكل مشترك من قبل رئيس الجامعة وعميد الكلّية أو مدير المؤسسة أو البرنامج أو المعهد أو المركز المعني.
تتمثل مهام مجلس الجامعة في:
تعزيز والحفاظ على مستوى فكري وتعليمي وبحثي عالٍ داخل الجامعة وفقاً لمهمتها؛
اقتراح شروط قبول الطلبة، وبرامج التدريس والبحث، وطبيعة الشهادات الممنوحة وشروط الحصول عليها؛
منح منح دراسية من ميزانية الجامعة، ومنح لطلبة الماستر وطلبة الدكتوراه وما بعد الدكتوراه وجوائز؛
اتخاذ قرار افتتاح مسارات التكوين؛
تحديد رسوم التسجيل والاقتطاعات الدراسية؛
اقتراح على مجلس الإدارة منح دبلومات وألقاب فخرية، بما في ذلك شهادة الدكتوراه الفخرية.
نواب رؤساء الجامعة
عوّاد أو مدراء كل مؤسسة ووحدة داخل الجامعة
ثلاثة أساتذة أُصَلاء من مؤسسات الجامعة ينتخبون من قبل زملائهم لمدة ثلاث سنوات قابلة للتجديد
ممثل الموظفين الإداريين والتقنيين عن كل مؤسسة بالجامعة ينتخب من قبل زملائه لمدة ثلاث سنوات قابلة للتجديد
ممثل الطلبة عن كل دورة دراسية من الإجازة والماستر والمهندس والدكتوراه لمدة سنتين غير قابلة للتجديد
أعضاء خارجيون من الساحة الأكاديمية والاجتماعية والاقتصادية والسياسية
يمكن لرئيس الجامعة، بطلب استشاري، أن يستعين بأي شخصية من عالم العلم والأعمال ذات سمعة وطنية أو دولية في مجالها، والتي يرى وجودها مفيداً، لتكون جزءاً من المجلس العلمي للجامعة الأورومتوسطية بفاس الذي تُناط به، من بين أمور أخرى، معالجة:
القضايا المتعلقة بالمحاور الاستراتيجية الكبرى في مجال التعليم والبحث والتطوير؛
شراكات مرجعية للجامعة؛
إدماج الجامعة في الشبكات الوطنية والدولية للقطاعات المرتبطة بموضوع ومهمات الجامعة؛
التقييم الخارجي لأنشطة التدريس والبحث وقيمة نتائج البحث.
تنظم طريقة اشتغال المجلس العلمي بموجبه النظام الداخلي الذي يضعه بنفسه.

يضمن الرئيس تنسيق أنشطة الكيانات المختلفة، الكلّيات، المعاهد، الوحدات والمراكز داخل الجامعة عبر لجنة التسيير التي يترأسها، وتتألف إلى جانب الرئيس من النواب، الأمين العام ومدير الشؤون الإدارية والمالية.
تعقد هذه اللجنة اجتماعاتها مرة واحدة على الأقل شهرياً، وكلما اقتضى حسن سير الجامعة، لمتابعة أنشطة الجامعة الأورومتوسطية بفاس واتخاذ قرارات تنفيذية تتعلق بإدارة الجامعة.

تضمن لجنة التنسيق تنسيق أنشطة الكيانات المختلفة من كليات ومعاهد ومديريات ووحدات ومراكز الجامعة. وتتمثل مهمتها في تحقيق التآزر، وتعبئة الموارد المشتركة، واقتراح المشاريع المشتركة والبنيوية بين المؤسسات المختلفة وبين المديريات المتنوعة.
تتألف لجنة التنسيق، بالإضافة إلى الرئيس، من نوّابه، والأمين العام، ومدير الشؤون الإدارية والمالية، وجميع رؤساء المؤسسات والمديريات المختلفة بالجامعة.
تجتمع هذه اللجنة مرة كل شهرين على الأقل، وكلما استدعى حسن سير الجامعة ذلك