
Estas instancias aseguran la gestión diaria, la coordinación y el seguimiento de las actividades académicas, científicas y administrativas. Velan por transformar las orientaciones estratégicas en acciones concretas al servicio de la comunidad universitaria.

A propuesta del comité de diplomas, el Presidente confiere, a los estudiantes que hayan cumplido los requisitos académicos vigentes, los diplomas de Licenciatura, de Ingeniero, de Máster y de Doctorado, así como cualquier otro diploma preparado en la Universidad.
Los diplomas son firmados conjuntamente por el Presidente de la Universidad y el Decano de Facultad o el Director del Centro, Programa, Instituto o Centro correspondiente.
Las misiones del CU consisten en:
Promover y mantener un alto nivel intelectual, de formación e investigación en la Universidad conforme a su misión ;
Proponer las condiciones de admisión de los estudiantes, los programas de enseñanza e investigación, la naturaleza de los diplomas a otorgar y las condiciones de obtención de los diplomas ;
Otorgar con cargo al presupuesto de la Universidad becas de estudio, becas para estudiantes de Máster, doctorandos y postdoctorandos y premios ;
Decidir la apertura de las ramas de formación ;
Fijar las tasas de inscripción y los derechos de matrícula ;
Proponer al CA la concesión de diplomas y títulos honoríficos, en particular el doctorado honoris causa.
Vicepresidentes de la Universidad
Decanos o directores de cada entidad y centro de la Universidad
Tres profesores titulares procedentes de las entidades de la Universidad elegidos por sus pares para un mandato de tres años renovable
Representante del personal administrativo y técnico de cada entidad de la Universidad elegido por sus pares para un mandato de tres años renovable
Representante de los estudiantes de cada ciclo de estudios de Licenciatura, Máster, Ingeniero y Doctorado por un periodo de dos años no renovable
Miembros externos del mundo académico, socioeconómico y político
El Presidente de la Universidad puede recurrir, a título consultivo, a cualquier personalidad del mundo científico y empresarial de notoriedad nacional o internacional en su campo, cuya presencia le parezca útil, para formar parte del Consejo Científico de la UEMF, que tiene entre sus atribuciones tratar, en particular:
Cuestiones relativas a los grandes ejes estratégicos en materia de enseñanza e investigación y desarrollo ;
Asociaciones de referencia para la Universidad ;
La inserción de la Universidad en redes nacionales e internacionales de los sectores relativos al Objeto y/o a las Misiones de la Universidad ;
La evaluación externa de las actividades de enseñanza, de investigación y la valorización de los resultados de la investigación.
El funcionamiento del CS se rige por su propio Reglamento Interior establecido por él mismo.

El Presidente asegura la coordinación de las actividades de las distintas entidades, facultades, institutos, unidades y centros de la Universidad mediante el Comité de gestión, presidido por él, y compuesto además por el Presidente, los vicepresidentes, el Secretario General y el Director de Asuntos Administrativos y Financieros.
Este Comité se reúne al menos una vez al mes y cada vez que el buen funcionamiento de la Universidad lo exige, para asegurar el seguimiento de las actividades de la UEMF y decidir la puesta en marcha de los actos de gestión de la Universidad.

El Comité de coordinación asegura la coordinación de las actividades de las distintas entidades, facultades, institutos, direcciones, unidades y centros de la Universidad. Tiene la misión de asegurar sinergias, la mutualización de medios y proponer proyectos comunes y estructurantes entre los distintos Establecimientos y las diferentes direcciones.
El Comité de coordinación está compuesto, además del Presidente, por los vicespresidentes, el Secretario General, el Director de Asuntos Administrativos y Financieros, la totalidad de los Jefes de Establecimiento y las distintas direcciones de la Universidad.
Este Comité se reúne por lo menos una vez cada dos meses y siempre que el buen funcionamiento de la Universidad lo exija