Las misiones del Departamento de Asuntos Administrativos y Financieros son:

• asegurar el equilibrio financiero de la Universidad;
• optimizar los recursos financieros para una mejor asignación;
• asegurar la producción y confiabilidad de la información contable (general y analítica) de acuerdo con las normas y estándares vigentes;
• producir informes analíticos por parte del Establecimiento y la Dirección;
• aplicar las normas contables propias de la actividad de la UEMF y de su régimen jurídico;
• garantizar la adecuada ejecución e integridad de las operaciones de tesorería; 
• asegurar la producción de estados periódicos y anuales y preparar el expediente de cierre de cuentas;
• velar por el cumplimiento del manual de procedimientos contables;
• participar en las operaciones de inventario y producir toda la información contable relativa al patrimonio de la Universidad;
• alertar sobre cualquier hecho que pueda alterar el patrimonio de la UMF (activo fijo, clientes, acciones, etc.);
• conciliar los datos contables con los de las soluciones empresariales;
• asegurar la administración funcional del componente financiero del SI;
• participar en operaciones de auditoría y revisoría fiscal;
• asegurar la interfaz con los donantes para los aspectos financieros;
• garantizar la relevancia de la información procedente de la contabilidad analítica; 
• desarrollar y monitorear la implementación de herramientas para gestionar los logros de la UEMF;
• realizar análisis periódicos de la ejecución de los presupuestos anuales y monitorear los indicadores de desempeño;
• establecer informes mensuales;
• participar en la mejora cualitativa de la información contable;
• garantizar el apoyo a los establecimientos de la UEMF con información presupuestaria;
• contribuir a todas las mejoras de SI;
• participar en el seguimiento presupuestario de las subvenciones;
• establecer y monitorear programas de empleo para proyectos de investigación de la UEMF;
• velar por el cumplimiento de los requisitos fiscales y sociales de la UEMF de conformidad con la normativa vigente; 
• aplicar las normas de cumplimiento a las que está sujeta la UEMF (Oficina de Cambio, Aduanas, etc.).